L'Imperatore è noto anche per essere stato il primo sovrano a istituire un'università statale e laica: ancora oggi, l'Università di Napoli "Federico II" rimane uno degli atenei più prestigiosi in Italia. Con la nascita dello Studium (fondato nel 1224), e attraverso lo studio del diritto, Federico puntava a migliorare l'organizzazione dello stato dotandosi di un apparato amministrativo d’eccellenza; eppure Napoli ben presto si trasformò in un centro di studi completo, che offriva la possibilità di approfondire discipline che spaziavano dalla medicina alla filosofia.
Studiare in epoca medievale significava affrontare lunghi e pericolosi viaggi, rischiando aggressioni e persino la morte. Il progetto di Federico offrì agli studenti dell’Italia meridionale la possibilità di studiare vicino a casa: essi erano protetti e tutelati, e coloro che si distinguevano per bravura ricevevano prestiti d'onore, borse di studio e alloggi di qualità. Inoltre, a differenza di altre università del nord Italia in cui gli studenti pagavano i professori, a Napoli gli insegnanti venivano retribuiti dallo stesso Imperatore. Numerosi personaggi illustri, come il filosofo Tommaso d'Aquino e il poeta Giovanni Boccaccio, hanno contribuito alla crescita e sviluppo intellettuale dell’ateneo, lasciando un segno importante nell'ambito accademico e culturale in Italia, in Europa e nel mondo.
