Nel 1239, facendo seguito alla celebre scomunica, papa Gregorio IX paragonò Federico alla “bestia che si leva dal mare”, il mostro descritto da Giovanni nell’Apocalisse: la sua presenza eretica sulla terra avrebbe preannunciato il giudizio finale e la fine del mondo! Le dure parole del papa riflettono il clima culturale della prima metà del XIII secolo, caratterizzato della propaganda politica guelfa contro Federico e la sua dinastia e le famose lotte fra Papato e Impero; le scomuniche al sovrano furono ben tre.
Una delle fonti più curiose (e discutibili) riguardo alle presunte "scelleratezze" dell'Imperatore è la Cronica di Fra Salimbene de Adam, un lungo testo che dipinge Federico II come avido, eretico e corruttore. Tuttavia, nonostante queste accuse, il religioso ha anche evidenziato alcune virtù dell'Imperatore, come l'allegria, la curiosità e la vasta cultura. Tra gli aneddoti più fantasiosi e poco affidabili di Salimbene, troviamo crudeli esperimenti sulla mortalità dell'anima, come il caso di un uomo rinchiuso in una botte di vino per capire se, alla sua morte, l'anima fuggisse via o perisse insieme a lui. Inoltre, si racconta di esperimenti sul linguaggio dei bambini strappati alle madri, a cui non era consentito interagire con nessuno per vedere quale lingua avrebbero parlato una volta cresciuti.
