Figlio di Enrico IV di Svevia e nipote del celebre Federico Barbarossa, Federico II discendeva dalla nobile casata degli Hohestaufen. Tuttavia, nelle sue vene scorreva anche il sangue siculo-normanno della madre, Costanza d’Altavilla. Nato a Jesi, nelle Marche, il 26 Dicembre 1194, durante un viaggio che la regina Costanza stava facendo per raggiungere il marito a Palermo, Federico rimase orfano di padre a tre anni e di madre a soli quattro. Per questo fu affidato alla tutela di papa Innocenzo III, divenuto reggente del Regno di Sicilia.
Secondo le antiche cronache, il parto di Costanza avvenne in una tenda montata al centro della piazza di Jesi. Questo evento fu di dominio pubblico e ricco di significati misteriosi, soprattutto considerando l'età matura di Costanza, che era quasi quarantenne, e le infondate dicerie che la circondavano. Alcuni sostenevano che Federico fosse il figlio illegittimo della regina e di un macellaio, mentre altri vociferavano che Costanza fosse stata una monaca, una teoria sostenuta persino da Dante nella Divina Commedia.
